Перші згадки про заснування обителі сягають кінця ХІІІ століття і пов’язані з ченцями Іоаникієм і Пахомієм. Після спустошення Києво-Печерського монастиря монголо-татарами, ці два іноки прийшли в Карпатські гори, де і заснували новий монастир. Згадку про заснування монастиря в ХІІІ столітті ми знаходимо у спогадах Івана Франка, який засвідчує, що Захар Беркут – герой Тухольки, три роки провів у монастирі. Сюди до старців неодноразово приходив князь Данило Галицький за розрадою і благословенням. Кілька століть назад татари напали на монастир, зруйнувавши його вщент.
Дізнавшись про ці благословенні Богом місця, сюди у 1608 році прийшов монах-схимник, суворий аскет з гори Афон – Іов Княгиницький. Про нього пізніше напише Іван Франко: “Іов був, без сумніву, чоловік великого і чистого характеру, незламної енергії і трудолюбія, чоловік, яких може найбільше потребує кожний час і кожний народ. Перейнявшись на Афоні тамтешніми ідеалами, він один з небагатьох афонітів вернув на Русь і старався приложити ті ідеали до нашого життя, реформуючи монастирі в Уневі, Дерманті, Угорниках і в Києво-Печерській лаврі в дусі непорочного життя і аскетизму, закладаючи в кінці знаменитий Скит Манявський.” Разом з Іваном Вишенським та Захарією Копистенським Іов створює чернечу громаду. У новій святій обителі він запроваджує найсуворіший устав Василія Великого. Саме за суворість уставу та аскетизм Манявський Скит був названий “другим” Афоном.
У 1618 році у Скиті проживало 40 монахів, а з 13 квітня 1619 року на цій території почали споруджувати церкву Воздвиження Чесного Хреста, фундаторкою будівництва якої була Марія Могилянка, дочка колишнього воєводи і господаря Молдавського Єремії Могили. В монастирі двічі з’являлася Пресвята Богородиця. Святістю славились також некрополь та зовнішній цвинтар Скиту, де спочиває прах тисяч православних галичан.
Архітектурний монастирський комплекс будівель – це ансамбль цегляних, кам’яних і дерев’яних споруд, обведених високим муром з вежами й бійницями. На відстані 400 метрів від виїзної брами монастиря знаходиться так званий “Блаженний камінь”. Камінь-брила із гротом нагадує велетенський горган з отвором. Грот цей і є давнім житлом ченців – скитом. З цієї брили віками витікала вода, яка зникла в час закриття монастиря і так само чудесно з’явилась, коли монастир відродився знову.
Юліан Целевич повідомляє, що саме в цьому гроті, в печері іноки “знайшли гарний притулок”. Іван Вагилевич стверджує, що перші монахи поселилися тут ще у 1281 році. Згодом Іван Франко назве їх “першими апостолами Карпатського Підгір’я”.
Добрий шанувальник Скиту – митрополит Петро Могила писав: “Піди на Покуття, де двісті ангелів у тілі проживаючих, образ життя Божого проводять”. Під своєю орудою Скит мав сім філіальних монастирів, зокрема, в Молдавії – Сучавицький, Драгомирнецький, Путненський і Нямецький та в Галичині – в Товмачику, Коломиї, Угорнику.
1620 році Скит одержав від патріархів Константинопольського – Тимофія та Олександрійського – Кирила ставропігійне право. У 1628 році на Київському соборі під головуванням митрополита Іова Борецького його наділено званням “прота” (головуючого). До його протії належало 556 монастирів у воєводствах Белзькім, Галицькім і Подільськім, про цей факт засвідчує підпис ігумена Скиту – Феодосія: “Многогрішний Феодосій ігумен Скитський і Угорник, Прот монаcтирей воєводства Руського, Белзького і Подольського…” Монастир мав значний вплив на галицькі монастирі в Уневі, Улючі, Лаврові, Підгірцях, Погоні, Крехові (два останні заснували скитські монахи).
Скит був духовним трибуналом при виборі митрополитів на Львівську кафедру і на видання богослужбових книг. Скит підтримував зв’язки з Польщею, Молдавією, Кримом, Німеччиною, Литвою, Румунією, Грецією, Росією та найбільшими містами України – Львовом та Києвом. Польські королі Ян Казимир ІІІ, Михайло Вишневецький, Ян ІІІ Собєський, Станіслав Август та коронний гетьман Станіслав Потоцький, шануючи святість Православного Воїнства Христового, надавали монастиреві різні привілеї.
Скит Манявський – відомий і як мистецький осередок. За свідченням Вагилевича, тут була велика бібліотека та богословська і малярська школи, які заснував ще Феодосій. Першу церкву Скиту розмалював Іов Княгиницький. Найбільшого розвитку школа досягла на стику XVII-XVIII століть, коли її очолив Йов Кондзелевич, славетний український митець, ієросхимонах Білостоцького монастиря, що неподалік від Луцька. У 1698 – 1705 роках створив іконостас для Хресто-Воздвиженської Церкви Скиту, що вважається перлиною українського сакрального мистецтва. Після закриття монастиря іконостас був проданий у Богородчани, а у 1916 р. вивезений до Відня, потім – до Варшави. На даний час зберігається у Львівському національному художньому музеї.
Ще одну школу – хорового партесного співу – розвинув наступник засновника монастиря ігумен Феодосій. Про цю професійну хорову школу з розвинутим п’ятилінійним нотописанням “осьмогласного пінія” подає широкі відомості академік Єлена Тончева з Софії у книзі “Монастирь Великий Скит – школа “Болгарского распева”. Скитские “болгарские” ирмологи XVII-XVIII в.”, виданій 1981 року. Понад півтора століття Скит ревно охороняв православну віру і залишився єдиним її оплотом в Західній Україні, не приєднавшись до унії. Дуже багато видатних осіб нашої української історії пов’язані з Скитом Манявським. Серед них гетьман Івана Виговський займає особливе місце. Адже, згідно з його заповітом прах гетьмана покоїться у Скиті. Про цей факт засвідчують такі вчені, як М. Грушевський, О. Феданко, В. Качкан та інші.
Пережив монастир і страшні лихоліття. Перше з них було у 1652 році, під час “морового повітря” (епідемії). Друге – цілковите знищення у 1676 році під час польсько-турецької війни, за гетьмана Петра Дорошенка. Монахи не сподівалися на закриття Скиту, яке сталося у 1785 році. Незадовго перед тим вони провели ремонт усіх споруд. “Єще можна відчитати, – пише Ю.Целевич, – слова: “Року 1781 обновися”. Отже, чотири роки перед закриттям монастиря”.
Манявський Скит був закритий австрійським імператором Францом-Йосифом, на численні звернення уніатського єпископа Петра Белянського, який доносив до цісарського двору про підтримку монахами обителі Коліївщини. Монастир користувався великою повагою серед населення, будучи єдиним осередком православ’я на Галичині. В неділю і свята всі люди йшли в монастир, сільські греко-католицькі храми залишалися пустими, а духовенство збіднілим. Закриття монастиря викликало великий жаль в галицького народу. Але ні унія, ні переслідування не згладили в народі пам’ять про давну славу обителі та непорочне життя скитських подвижників. Монахи часто поверталися, відвідували руїни своєї обителі. Люди нерідко бачили на руїнах старця в чорній рясі.
Після закриття австрійцями скит зазнав руйнації.
28 травня 1998 року монастир частково, а з 30 листопада 1999 року повністю, був переданий Івано-Франківській єпархії Української Православної Церкви Київського Патріархату, що дало поштовх другому відродженню святині.
Великих зусиль прийшлось докласти Високопреосвященнійшому Митрополиту Іоасафу та Обласній державній адміністрації для того, щоб відродити святу обитель. Президент України Л. Кучма, відвідавши Манявський монастир на Різдво Христове 2002 року, і 12 січня 2003 року бере його відбудову під свій патронат. За його допомогою, і стараннями голови облдержадміністрації М.Вишиванюка, були завершені зовнішні роботи по відбудові Хресто-Воздвиженського Собору, проведені роботи по реконструкції трапезної церкви та фортифікаційних мурів.
Монастир виділяється не тільки своєю культурно-історичною цінністю, але й духовністю, благочестивим Українським Афоном. Про це засвідчують факти відвідання цієї святині як українськими науковцями, паломниками, так і державними діячами, зокрема Президентом України Леонідом Кучмою та першим Президентом Росії Борисом Єльциним, Президентом України Віктор Ющенком.
А 20 жовтня 2002 року відбулась справжня велика подія в житті Велико-Скитського монастиря – освячення Хресто-Воздвиженського собору. На це унікальне дійство прибули на запрошення Архиєпископа Івано-Франківського і Галицького Іоасафа шість ієрархів Української Православної Церкви Київського Патріархату та більше тридцяти тисяч віруючих. Після чину освячення, Архиєреї відслужили першу літургію, передавши храм під опіку Божу і небесних покровителів обителі – Іова і Феодосія.
30 червня 2003 року в Манявський монастир була передана велика святиня – чудотворна ікона Пресвятої Богородиці Одигітриї – “Ізбавительниці від злих” (ХVІІІ ст.). Ікона має чудодійну силу зцілювати від одержимості злими духами.
15 липня 2004 року Помісний Собор Української Православної Церкви Київського Патріархату засновників Манявського Хресто-Воздвиженського монастиря Іова і Феодосія Манявських канонізував. 15 грудня 2013 року митрополитом Іоасафом було освячено нову монастирську трапезну. У червні 2014 року на території обителі побудовано дерев’яну каплицю для звершення святкових богослужінь у літній час.
І сьогодні за трудами настоятеля і священоігумена, Його Високопреосвященства митрополита Івано-Франківського і Галицького Іоасафа, древня святиня повстала з руїн, відродившись у всій своїй красі і величі. Знову залунав тут передзвін, знову полинула молитва до Всевишнього. І ми свято віримо в те, що відродження монастиря буде сприяти розвитку духовності, відродженню українських традицій і культури, буде укріплювати нас в прадідівській православній вірі і прививати любов до нашої Святої Православної Церкви і України.